原因としては下痢・便秘の繰り返し、裂肛、痔核、痔瘻など歯状線付近の慢性的な刺激や炎症だと考えられています。

肛門ポリープは大・小あり、団子状、きのこ状などのほかに、紐がついたように長く伸びてくるものもあります（有茎性ポリープ）。ひどくなると、排便のたびにポリープが脱出し、ポタポタと出血したり、痔も一緒に脱出することもあります。
一般に排便後は、手で元に押し込めてやれば、一日無症状で過ごせます。ポリープが大きいと、いつも便が出たい気持ちがおこります。また、ポリープが出たり、これを手で押し込めたりしていると、肛門がかぶれてかゆくなります。
肛門ポリープが発生する部位は、ちょうど便意を感じる神経が分布する位置と一いたします。そのため、肛門ポリープが大きくなると、肛門の中に便が溜まっていると神経が勘違いをしてしまい、便がない状態でも便意を感じるようになります。なお、似たような病名に大腸ポリープと呼ばれるものがあります。大腸ポリープはがんとの関連性も指摘されることがありますが、基本的に肛門ポリープは、がんの発生とはそれほど強い関係性はないとされています。

肛門ポリープは、肛門から入って比較的近い部位に形成される病変です。そのため、触診、視診にて病変を確認します。また、裂肛や切れ痔との合併例、消化管のさらに奥のほうからのポリープ・腫瘍性病変（たとえば大腸ポリープや肛門がんなど）が問題となっていることもあります。
そのため、詳細な問診をすることで肛門ポリープの存在を想定しつつ、必要に応じて下部消化管内視鏡検査（大腸カメラ）や注腸検査などを行うことも検討されます。

直腸ポリープ、大腸ポリープとは異なりほぼ悪性化する心配はありませんので放置していても特に害はないと言われていますが、便意やかゆみの原因にもなり、慢性の裂肛や痔瘻のある場合は早めの治療をお勧めいたします。
ポリープが単独で存在している場合には、局所麻酔での切除術を行うことで治療することが可能です。しかし、裂肛や痔核など状態によっては、肛門ポリープを切除するだけでは十分な治療効果を望むことができません。深い裂肛や痔瘻、痔核などを伴っている場合は根治療法が必要となります。慢性裂肛に伴う肛門ポリープの場合は裂肛根治手術を行い、肛門ポリープを裂肛と同時に除去します。
肛門ポリープは、下痢や便秘、裂肛、痔核などが慢性的な刺激となり発症する病気です。そのため、これらの排便習慣の異常や病気がある際には、より早期の段階から対処することで肛門ポリープの発症を予防できます。健康な排便習慣を整えるための食物繊維に富んだ食生活を心がけたり、排便習慣の異常がある場合には必要に応じて下剤や整腸剤などの内服薬を使用したりすることも重要です。